@卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被对他来说，就算元帅府最后被相阁灭了，也与他没多大关系。最多失去那个待遇不错的供奉职位而已，没什么大不了的。 前期一个多星期，夏草和樱桃一直在那些石屋里搜寻，结果她们总共搜到了三十四颗拇指大小的火晶石。索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脫曝力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不清愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……
