公元2035年,人类被12只猴子军研制的一种病䓯侵袭,大部分人类都在这场病也是在这一天晚上,卫柱国又收到另一条消息,原本他以为童星光死后,群龙无首的东方军区会四分五裂,却怎么也没有料到童星光的妹妹童月华在几个统兵大将的鼎力支持下,已经自封为东方军区的镇守将军。童星光绰号金将军,童月华就自取了一个银将军的称号。䓯灾难中死亡,只有少数人侥幸逃生,但也只能在阴暗的地下,苟且鍮生。
科学家们决定派人穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历。囚徒詹姆斯·科尔(布鲁斯·威利斯 Bruce Willis 饰)被 挑选为志愿者。阴差阳错,科尔回到了1990年,当他向当时的人们描述未来的那场大灾难时,被当作精神病捉了起来并被医生凯瑟琳·雪莉(玛德琳·斯通 Madeleine Stowe 饰)诊断为精神分裂症。科尔在病友杰弗里·戈因斯帮助下逃脫,回到了未来。因为没查清12只猴子军的来历,科尔再次被派回了1996年。
科尔这次发现了12只猴子军的起源地在费城,他找到了医生凯瑟琳,二人一起展开了追查12只猴子军的冒险之旅!